El 18 de julio de 1936 se inicia la guerra civil española: «Mientras tanto, Yela Utrilla, que ocupaba en ese momento el cargo de jefe accidental provincial de Falange porque seguía detenido Leopoldo Panizo, ante los micrófonos de Radio Asturias pronunció una conferencia bajo el título "Nuestra guerra y la guerra de los marxistas". Yela señalaba las diferencias que se observaban en la lucha que mantenían los sin Patria, los sin Dios y los ciudadanos y militares movilizados que anteponían a todo sus propias creencias religiosas y el amor a la Madre Patria. "Aquellos –decía Yela– se lanzan a la destrucción, a la barbarie, al pillaje; éstos aspiran a construir, a entender la cultura, a conseguir que los hombres se traten como hermanos". Viajó Yela a Burgos y allí se entrevistaría con Manuel Hedilla, quien le informa de los nuevos nombramientos que quería hacer en Asturias. A últimos del mes de octubre esos nombramientos eran publicados en la prensa de Oviedo. Hedilla ratificaba al propio Yela Utrilla como secretario provincial de FE-JONS en Asturias, a la vez que le nombraba jefe territorial provisional. (...) A su regreso de Burgos, Yela Utrilla hizo unas declaraciones en los distintos medios de comunicación de Oviedo donde manifestaba que según noticias que traía, podía asegurar que José Antonio Primo de Rivera estaba vivo.».
«El 19 de diciembre de 1936, sábado, aparece en Oviedo el primer número del periódico La Nueva España, diario de la Falange Española de las JONS (...) Ni una sola línea se publicaba, como sería lógico, de quien en ese tiempo ostentaba el mando de Falange en Asturias, en este caso Juan Francisco Yela Utrilla, ni ninguno de los otros mandos locales o provinciales, lo que hace que sigamos creyendo que el periódico estaba al servicio del Ejército y no de Falange. (...)»«Manuel Hedilla no parece muy conforme con la línea que estaba llevando el periódico falangista, ni tan siquiera con el título del mismo, por lo que decide escribir una carta a Francisco Bravo, delegado de la Junta de Mando en Asturias y Galicia. La carta llevaba fecha 17 de febrero de 1937 y dice: "(...) Creo que en este sentido debes fijar tu atención principalmente y por de pronto en Yela y en el director de La Nueva España, Francisco Arias, y también en Ricardo Fernández a quienes creo principalmente culpables de la mala organización de la provincia (...)"». El 18 de abril de 1937 se celebra en Salamanca «la elección de Jefe Nacional de Falange Española y de las JONS con la asistencia de los asturianos García de Tuñón y Yela, pero éste sólo asistiría al acto de la elección ya que por motivos familiares tuvo que ausentarse el segundo día, según nota que él mismo enviaba al Consejo: "Cuando me disponía ir al Consejo, me comunican noticias que por retrasadas me dan más cuidado sobre novedades en mi familia, por lo cual me veo obligado a regresar urgentemente a Oviedo".». Al día siguiente Franco decreta la Unificación que supone la caída definitiva de Hedilla, y la desaparición de Falange Española de las Juntas de Ofensiva Nacional Sindicalistas, transformada en FE Tradicionalista de las JONS. (Hasta aquí los datos obtenidos del libro de José María García de Tuñon Aza, Apuntes para una historia de la Falange asturiana, Oviedo 2001.)

La guerra civil terminó en Asturias en 1937, reanudando Yela su actividad como autor: la editorial FET (Falange Española Tradicionalista) de Oviedo publicó en 1938 su Segundo curso teórico práctico de lengua latina y en 1939 Las concepciones político-sociales contemporáneas. Intervino en el renacimiento de la Universidad de Oviedo, destruida por las llamas revolucionarias de octubre de 1934 y que algunos incluso deseaban reiniciar en otra ciudad fuera de Asturias. En 1940 la Universidad de Oviedo publicó su ensayo: Una nueva concepción de la historia de España como historia patria.
A finales de 1940 ingresó Juan Francisco Yela Utrilla en el Cuerpo de Catedráticos de Universidad (el 22 de noviembre), ocupando la cátedra de Fundamentos de Filosofía e Historia de los Sistemas Filosóficos de la Universidad de Barcelona, trasladándose al poco a la Universidad de Madrid, para desempeñar esa misma cátedra. Fue vicedirector segundo del Instituto «Luis Vives» de Filosofía, del Consejo Superior de Investigaciones Científicas. Durante la década del cuarenta, en que fue uno de las catedrádicos de Filosofía más influyentes de la Universidad española, Yela Utrilla encabeza la más numerosa estirpe de jóvenes doctores en filosofía, de las tres estirpes de doctores en filosofía que pueden distinguirse tras la guerra civil: la de Juan Zaragüeta (1883-1974, 8 tesis dirigidas en los años cuarenta), la de Juan Francisco Yela (1893-1950, 13 tesis dirigidas en los años cuarenta) y la de Santiago Montero (1911-1985, 10 tesis dirigidas en los años cuarenta). El prematuro fallecimiento de Juan Francisco Yela Utrilla, el 26 de abril de 1950, supuso sin duda una evolución ulterior de la filosofía institucional en España diferente a la que hubiera ocurrido de haber estado presente Yela durante los decisivos años cincuenta.